Leyendas en la Peninsula Iberica (La Nao Fantasma [II])

Tras la caída del Imperio romano de Occidente y el establecimiento de los reinos germanos en España, hacia 550  Cartagena fue conquistada por el emperador bizantino Justiniano I. Aunque no existen datos fiables sobre la organización de dichos territorios, existe cierto consenso acerca de que Cartagena, con el nombre de Cartago Spartaria se convirtió en 615 en la capital de la provincia bizantana de Spania

Hacia el 622, los visigodos, dirigidos por el rey Suintila, tomaron y, según cuenta San Isidoro destruyeron y asolaron por completo la ciudad, causando una profunda decadencia. Sin embargo, este comentario quizás pecó de exagerado, ya que en 675, Munulo, obispo de Cartagena, aparece firmando una de las actas de los Concilios de Toledo, lo que demuestra que en ese momento había un obispo con su sede en la ciudad.
Durante la dominiación árabe, Cartagena experimentó una cierta recuperación y contó con una mezquita y una alcazaba fortificada sobre el actual cerro de la Concepción, siendo conocida en esa época con el nombre de Qartayannat al-Halfa

En el año 1243 el emir Ibn Hud al-Dawla pactó en el Tratado de Alcaraz la capitulación de la taifa de Murcia como un protectorado castellano. El arraez de de Cartagena no reconoció la capitulación, y el infante Alfonso, primogénito del rey Fernando III de Castilla, tomó finalmente la plaza en 1245 con la intervención una flota procedente de Santander, a mando del almirante Ruy García de Santander. Esta conquista puso a Cartagena fuera del régimen de protectorado y recibió el Fuero de Córdoba. En 1250 se restauró la diócesis de Cartagena y en 1270 se creó la Orden de Santa María de España para la defensa naval de la Corona de Castilla, que estableció su sede principal en Cartagena. El traslado, unos pocos años después de la Reconquista, de la sede episcopal a Murcia supuso un notable freno para el desarrollo urbano, económico y poblacional de la ciudad de Cartagena.
En la campaña de Jaume II de Aragón para conquistar el reino de Murcia, que había recibido como donación de Alfonso de la Cerda a cambio de favorecer sus pretensiones al trono castellano, Cartagena fue tomada en 1296. En la Sentencia Arbitral de Torrellas de 1304 se acordó que Cartagena se incorporara al reino de Valencia, pero al quedar como un exclave, el rey aragonés renunció a ella en el Tratado de Elche en 1305.
Durante la Guerra de los Dos Pedros, Cartagena fue una base naval para hostigar la Corona de Aragón. Con todo, las iniciativas de reyes como Pedro I de Castilla no terminaron de desarrollar arquitectónicamente el crecimiento urbano de una ciudad que aún contaba con pocos habitantes.
 En 1464 el rey Enrique IV de Castilla concedió a Pedro Fajardo y Quesada el señorío de la ciudad de Cartagena con su castillo y los derechos de jurisdicción y cobro de tributos, situación que se mantuvo hasta los Reyes Católicos. En 1503, la reina Isabel ordenó la restitución de la ciudad de Cartagena con todos sus derechos a la Corona.